Perjalanan Penggabungan Pelindo sebelumnya telah lama diwacanakan. Dimulai pada tahun 2009, dilakukan penyusunan Kajian Holding Pelabuhan dan Pengerukan. Kemudian disusul pada tahun 2012 telah disusun Kajian Integrasi Pelindo I, II, III, dan IV. Selanjutnya pada tahun 2013, telah disusun juga studi Holding Pelabuhan Indonesia dan pembentukan PT Terminal Petikemas Indonesia. Pada tahun 2016, dibentuk PMO Nasional dan dilanjutkan dengan penyusunan studi Pelindo Incorporated, yang saat itu bermaksud untuk menyatukan Anak Perusahaan dari PT Pelabuhan Indonesia I, II, III dan IV (Persero) yang memiliki bidang usaha sejenis. Selanjutnya, pada tahun 2017 dilaksanakan inisiasi Pembentukan Holding Maritim dan pada tahun 2018 dilaksanakan studi Integrated Port Network yang mengidentifikasi 7 (tujuh) Hub Pelabuhan RJPMN, hingga pada tahun 2019 dilaksanakan inisiasi Pembentukan Subholding Petikemas.

Perkembangan berikutnya adalah terbentuknya Tim Percepatan Peningkatan Sinergi dan Integrasi Badan Usaha Milik Negara dalam Layanan Pelabuhan oleh Kementerian BUMN pada bulan Desember 2019 yang tertuang dalam Keputusan Menteri Badan Usaha Milik Negara No. SK-311/MBU/12/2019, sebagai bagian dari program strategis pemerintah untuk meningkatkan konektivitas perdagangan yang dapat berkontribusi menurunkan biaya logistik nasional. Keputusan ini kemudian terus diperbarui dalam Keputusan Menteri BUMN No. SK-83/MBU/Wk2/11/2020 tanggal 13 November 2020 dan Keputusan Menteri BUMN No. SK-33/ MBU/Wk2/03/2021 tanggal 29 Maret 2021. Kementerian BUMN berinisiatif untuk menjalankan proses konsolidasi BUMN dalam Layanan Kepelabuhanan agar penataannya tidak berdasarkan wilayah dan memberikan kapasitas maksimal dalam konektivitas maritim dan konektivitas dengan kawasan strategis yang terkait di seluruh Indonesia. Dengan demikian, BUMN dalam layanan pelabuhan dapat menjadi lebih efisien dalam operasional dan investasi, tercipta jaringan transportasi laut yang optimal, serta dapat memberikan pelayanan yang prima dengan didukung oleh infrastruktur kepelabuhanan yang standar dan memadai. Hal ini diwujudkan melalui penyusunan Kajian Sinergi dan Integrasi BUMN Pelabuhan yang menghasilkan output berupa desain penggabungan keempat Pelindo pada tahun 2020.